Der Magistrat ist als "ausführendes Organ der Gemeindeselbstverwaltung" die "Regierung" der Stadt. Ihm untersteht die gesamte Stadtverwaltung mit allen Ämtern. Er ist an die Beschlüsse und Aufträge der Stadtverordnetenversammlung gebunden.
Der Magistrat besteht aus dem Bürgermeister als Vorsitzendem, dem Ersten und weiteren Stadträtinnen und Stadträten. Die Mitglieder des Magistrats werden mit Ausnahme des von den Bürgern zu wählenden Bürgermeisters von der Stadtverordnetenversammlung gewählt.
Der Magistrat der Stadt Bebra besteht aus dem Bürgermeister und neun ehrenamtlichen Stadträtinnen und Stadträten.