Die Forschung des Max-Planck-Instituts für medizinische Forschung wird seit Gründung des Instituts 1927 als Kaiser-Wilhelm-Institut für medizinische Forschung von herausragenden Persönlichkeiten und exzellenter Wissenschaft an der Schnittstelle zwischen Physiologie, Physik, Chemie und Biologie geprägt.
Mit der Berufung von drei neuen Direktoren in den letzten Jahren hat das Institut eine weitere grundlegende Neuorientierung in seiner 88-jährigen Geschichte erlebt. Zentrales neues Thema der Forschung ist, die immens komplexe Dynamik der Wechselwirkungen zwischen Makromolekülen in der lebenden Zelle – gesund oder krankhaft – in Echtzeit zu beobachten und zu manipulieren. Die vier Abteilungen am Institut tragen mit ihrer einmaligen Expertise auf sich ergänzenden Gebieten dazu bei: die Bestimmung atomarer Struktur (Ilme Schlichting), optische Nanoskopie (Stefan Hell), Design neuer Reportermoleküle (Kai Johnsson) und zelluläre Materialwissenschaft und Biophysik (Joachim Spatz). Dabei geht es um die Entwicklung neuer Werkzeuge für die biomedizinische Forschung, die zu neuen Ergebnissen, Erkenntnissen und medizinischen Fortschritten führen werden. Damit verfolgt die Forschung am Institut weiterhin die Idee des Gründers, Ludolf von Krehl: medizinische Forschung durch die enge Zusammenarbeit von Physiologen, Biologen, Physikern und Chemikern unter einem Dach zu fördern.