Das Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie (MPI-MP) wurde am 1. Januar 1994 unter Gründungsdirektor Prof. Dr. Lothar Willmitzer ins Leben gerufen und nahm mit 16 Mitarbeitern seine Arbeit auf. Inzwischen arbeiten etwa 360 Angestellte aus allen Teilen der Welt daran, die Geheimnisse der Pflanzen zu erforschen.
In den ersten Jahren arbeiteten die Wissenschaftler in einem Gebäude auf dem Gelände der benachbarten Universität Potsdam. Im Jahre 1999 wurde der Max-Planck-Campus fertiggestellt und das MPI-MP zog gemeinsam mit dem Max-Planck-Institut für Kolloid- und Grenzflächenforschung und dem Max-Planck-Institut für Gravitationsphysik in die neuen Gebäude ein. Die drei Institute teilen sich ein Zentralgebäude mit einem Hörsaal, Seminarräumen, Verwaltungsbüros und der Cafeteria, sind ansonsten aber vollkommen unabhängig voneinander.