Ein weiterer Firmensitz, die MSD Animal Health Innovation, mit Sitz in Schwabenheim an der Selz, westlich von Mainz, ist ein globales Forschungs- und Entwicklungszentrum für Tierarzneimittel mit Schwerpunkt auf Antiinfektiva und Antiparasitika. In Schwabenheim sind 230 Mitarbeiter in den Bereichen Forschung und Entwicklung von Antiinfektiva und Antiparasitika, globale pharmazeutische Registrierung sowie den administrativen Bereichen und Registrierung unter der Geschäftsführung von Dr. Rainer Röpke beschäftigt. Die MSD Animal Health Innovation in Schwabenheim stellt auf dem Gebiet der modernen Wirkstofffindung einen weltweit bedeutenden Forschungsschwerpunkt für das Unternehmen dar.