Im Jenaer Universitätsklinikum stehen unseren Patienten in 26 Kliniken insgesamt 1375 Betten zur Verfügung. Jährlich werden ca. 45.000 Patienten stationär betreut und über 200.000 ambulante Konsultationen durchgeführt. In der Krankenversorgung, Forschung und Lehre arbeiten 4000 Mitarbeiter, damit ist das UKJ der größte Arbeitgeber in der Region.
Das Klinikum ist derzeit auf mehrere Standorte im gesamten Stadtgebiet verteilt, wobei sich die meisten der 25 Institute in der Innenstadt um den Standort Bachstraße gruppieren. Mit der Inbetriebnahme des Klinikumneubaus 2004 im Stadtteil Lobeda und dem Umzug mehrere Kliniken aus der Innenstadt in den neuen Komplex verlagert sich der Schwerpunkt an diesen zweiten großen Standort, an dem seit den 80er Jahren bereits die Kliniken für Innere Medizin untergebracht sind.
Zur Ausbildung der 1900 Studenten der Medizin und Zahnmedizin stehen im Klinikumin der Innenstadt eine Reihe von Laboren und Hörsälen zur Verfügung, sowie im modernen Klinikum in Lobeda zwei hochmodern ausgestattete Hörsäle mit je 224 Plätzen, sieben Seminarräume und die Medizinische Fachbibliothek mit Platz für 111.000 Bände.